Pastur Dr Zwijmer mempunyai daerah kerja yang luas di seluruh Asia. Dalam kunjungannya ke Indonesia, dia sempat mengadakan khutbah di beberapa gereja, antara lain di; Banjarmasin, Ujung Pandang, Surabaya dan Yogyakarta. Adapun isi khutbahnya banyak sekali menghina agama Islam.
Kedatangan Pastur itu ke Indonesia, khususnya ke Yogyakarta didengar oleh KH Ahmad Dahlan, termasuk penghinaannya terhadap Islam. Pada saat kedatangannya di Yogyakarta, disambut dengan mengadakan pengajian umum bertempat di Ngampilan. Dalam pengajian umum itu, Pastur Dr Zwijmer diundang untuk mendengarkan serta diberi kesempatan untuk menerangkan tentang agamanya, dan diminta pula kesediaannya untuk menjawab pertanyaan dari hadirin. Akan tetapi dia tidak datang.
Sebagai pembicara dalam pengajia umum itu, KH Ahmad Dahlan menerangkan mengenai agama Islam, yang oleh beliau diibaratkan sebagai sekolahan, yaitu bertingkat-tingkat dari kelas satu sampai kelas yang tertinggi. Begitu pula agama Islam, pada zaman Nabi Adam diibaratkan baru kelas satu. Kemudian berturut-turut pada Nabi-nabi berikutnya, naik satu kelas. Dan pada zaman sekarang ini kita sudah sampai pada kelas yang tertinggi, yakni zaman Nabi Muhammad saw. Oleh sebab itu hendaklah kita bersatu untuk mempelajari agama itu dengan mempergunakan akal. Janganlah agama itu hanya dibicarakan di Gereja saja (agama Nasrani), di masjidpun tidak ada halangannya.
Sesudah mendapat sambutan seperti itu dari KH Ahmad Dahlan di Yogyakarta, selanjutnya perjalanan Pastur Zwijmer tidak terdengar lagi. Padahal sebelumnya perjalanannya selalu diberitakan di surat kabar-surat kabar. Peristiwa penyambutan Pastur Zwijmer di Yogyakarta itu, mendapat perhatian Ki Hadjar Dewantara. Dalam tulisannya yang dimuat dalam surat kabar “Darmo Kondo” yang terbit di Solo, beliau antara lain mengatakan bahwa Pastur Zwijmer tidak mampu menghadapi KH Ahmad Dahlan.***