Melalui tokoh-tokohnya, Muhammadiyah merupakan Ormas Islam terbesar sekaligus terdepan dalam hal menyuarakan serta mengupayakan tegaknya keadilan dan tumbuhnya rasa kemanusiaan antar sesama manusia. Ketidakadilan inilah yang hingga saat ini terus berlanjut hampir disetiap negara. Maka perlu ada kritik dan masukan kepada negara pemenang perang dingin yang memiliki posisi strategis untuk menawarkan sebuah tatanan dunia yang adil dan berimbang, untuk menghapus ketidakadilan dan kemiskinan global yang diderita oleh milyaran umat manusia di seluruh dunia.
Sewaktu pertemuan di Bali tanggal 22 Oktober 2003, buya Syafii pernah melayangkan sebuah surat. Surat yang ditulis adalah pokok-pokok pikiran berisi kritik Prof Ahmad Syafii Maarif kepada Presiden AS, George W Bush. Isi surat dan apa yang disampaikan Buya Syafii ditulis dalam bahasa Inggris, sebagaimana tokoh lain Prof Azyumardi Azra dan Ketua PGI. Sedangkan KH Hasyim Muzadi dan wakil dari Hindu menurut informasi, menyampaikannya dalam bahasa Indonesia.
Setidaknya ada dua pokok permasalahan yang buya sampaikan pada pertemuan tersebut. Pertama, politik luar negeri Amerika yang terlalu pro-Israel selama beberapa dasawarsa telah menunjukkan dan mengakibatkan sikap yang tidak adil kepada bangsa-bangsa lain, khususnya terhadap rakyat Palestina yang telah menderita demikian lama. Selama konflik Israel-Palestina terus berlangsung, akan sangat sulit bagi umat manusia untuk melihat sebuah dunia yang damai dalam tempo dekat. Pada isi surat tersebut beliau juga menegaskan bahwa umat Islam Indonesia sepenuhnya mendukung terbentuknya sebuah negara Palestina yang merdeka, kuat, dan berdaulat. Mereka telah menantinya demikian lama dan kita harus membantu mereka mewujudkan apa yang memang sudah menjadi hak mereka.
Kedua, sehubungan dengan ketakutan Amerika terhadap ancaman yang mematikan dari terorisme Internasional. Tentang isu ini kita sebagai manusia mempunyai hak moral dan untuk memerangi segala jenis terorisme dan melumpuhkan basis politik ekonominya. Karena perbuatan mereka sepenuhnya anti manusia dan mereka adalah musuh sebenarnya dari dunia beradab. Buya menyesalkan sikap Amerika yang pada saat itu tetap mengirim serdadu untuk menginvasi Irak. Hal tersebut tidak diragukan lagi telah melakukan suatu kesalahan historis dan dunia akan mengenang itu dengan baik sebagai perang yang keliru, yang dilakukan oleh mereka yang mengaku sebagai pembela demokrasi dan prinsip-prinsip hak asasi manusia.
Dalam kesimpulannya buya menyampaikan bahwa setiap kita harus berlaku adil terhadap sejarah. “Tentang masalah ini saya harap tuan presiden berpikir lebih dalam lagi karena sebagai konsekuensi dari politik Amerika itu, kami di dunia muslim sekarang harus menanggung segala konsekuensinya yang mengerikan,” ungkap buya pada akhir surat tersebut. (diko)